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蛋白标记（protein labeling）是通过体内或者体外方法将标记物与目的蛋白结合的技术。标记后的蛋白仍保持蛋白活性，标记物既可以作为示踪剂指示与蛋白相关的反应，也可以作为干预物作用于目标蛋白或者细胞。随着近年技术发展，尤其是绿色荧光蛋白（GFP，green fluorescent protein）的发现和应用，蛋白标记技术在生命科学领域发挥着越来越大的作用。
标记蛋白不仅可以作为监测生命过程、检测目的靶物的分析检测手段，也可以通过利用蛋白活性和标记物作用作为干预及治疗的手段。近年来，已利用重组单克隆抗体偶联放射性同位素、免疫毒素或化学药物，成功制备了精准治疗的靶向药物，为肿瘤及自身免疫病等重大疾病治疗提供了新型工具。
根据标记物的类型可以分为放射性同位素标记、荧光素/荧光蛋白标记、酶标记、化学发光物质（包括吖啶酯、鲁米诺等）标记、纳米材料（胶体金、胶体硒、乳胶微球、量子点等）标记等。
蛋白标记方法需根据蛋白自身性质和标记物类型建立相应的技术方案：
1、放射性同位素标记：具有灵敏度高、特异性强、适用性广、定位准确等特点，常用的同位素包括125I、131I、32P等。同位素标记的关键在于，测定放射性强度的条件和合适的比活度。标记过程包括实验准备、标记实验及放射性废物处理等阶段。
2、荧光标记：将荧光材料与目标蛋白结合，形成荧光结合物。荧光材料包括荧光素（FITC、罗丹明、5-FAM等）、自发荧光蛋白、纳米晶体材料（量子点）等。标记方法也根据各类荧光材料的不同性质，有很大差异。
3、酶标记：常见标记用的酶分子包括辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶及葡萄糖氧化酶等。采取的偶联方法包括：戊二醛法、苯醌法、偶氮法等。
4、生物素（biotin）标记：生物素分子量小，对蛋白质自身活性影响小，重要的是，生物素与亲和素（avidin）有很高的亲和力，可以大幅度提高检测灵敏度。因此，生物素标记已成为一种常用而有效的蛋白标记技术手段。
5、其它标记方法：荧光蛋白可通过基因水平操作，将荧光蛋白基因与目的蛋白基因重组，再表达重组蛋白。纳米颗粒还可通过物理方法吸附蛋白，形成标记物。
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