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基因克隆（gene cloning）是将提取或合成的目的基因，与具有自主复制能力的载体（vector）基因拼接重组，并导入受体细胞进行无性繁殖从而形成新的基因分子的过程。
自上世纪七十年代创建第一个重组DNA分子克隆以来，基因克隆成为分子生物学的核心技术，促进了生物分子学进步，也有力推动了生物医学研究和产业的快速发展。
基因克隆技术首先有助于精准分析目的基因的表达与调控、蛋白相互作用，包括调控元件、转录因子研究以及非编码RNA研究等；其次，可以用于难以获取的天然蛋白的大规模生产；然后，可用于定型改造生物基因组结构，使之具有更大应用前景。此外，近年来随着基因测序与分析需求的增长和新一代测序技术（NGS）的发展，基因克隆技术也发挥着日益重要的作用。
根据基因克隆的类型，可以分为以下三大类：
一、经典基因克隆，需要限制性内切酶和连接酶。这也是目前应用最为广泛的基因克隆手段，具有操作简便的特点，但受制于限制性内切酶酶切位点和连接酶效率，一般适合于小片段基因克隆。
二、需要修饰酶的基因克隆，不需要限制性内切酶和连接酶，提高了基因克隆的灵活性和应用空间，如UDG（尿嘧啶DNA糖基化酶）克隆法，具有操作简单、克隆效率高的特点。
三、需要重组酶的基因克隆，利用重组酶及其特异识别位点，实现快速、高效的靶向克隆，不仅可实现高通量克隆，还可适合于原核生物、酵母、昆虫细胞及哺乳动物细胞等多系统的表达载体。目前，基于重组酶的基因克隆技术，如GateWay技术和Golden Gate技术等得到普遍关注。
经典的基因克隆方法主要包括：目的基因制备、限制性内切酶消化切割目的基因和载体、用DNA连接酶连接酶切后的基因和载体，制备DNA重组体；将DNA重组体导入宿主细胞、筛选克隆及鉴定以及目的基因在宿主细胞中的扩增和表达等步骤。
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